小矮兵是最具代表性的病毒
病毒（ウイルス/Virus）是在洛克人exe系列的電腦世界裡出現的一種有害的程式。它們往往會干擾電腦的運作並且造成電子機器不正常地運作，因此對大部份的操作員來說是需要從電腦世界中驅除的對象。
大部份的病毒是從電腦世界裡面自然產生（一部份可能是來自於設計不良或損壞的程式），而也有少數的病毒是由人類刻意設計出來。多數的病毒並不會主動對電腦進行破壞，而只是像野生動物一般依照程式的本能而行動，並且尋找適合自己居住的區域，因此不同的電腦世界也會吸引不同的病毒群聚、產生不同的生態。
在電腦世界中遭遇到病毒時通常會透過網路領航員進行病毒消滅將它們刪除掉以維護電腦系統的安定，但也有許多人試圖要運用病毒而非將它們直接刪除。對於已經明瞭其行動原理的病毒，可以拿來作為改善電子機械性能的程式，也可以取代網路領航員進行網路對戰。一些智能比較高或者是個性較溫馴易掌控的病毒也會被拿來當成寵物飼養。
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