病毒戰鬥的準備畫面
病毒戰鬥員（ウイルスバトラー/Virus Battler）是在洛克人exe系列的後期出現的一種娛樂活動，是使用預先準備好的病毒互相進行病毒戰鬥決定勝負的遊戲。
洛克人exe6
病毒戰鬥員自第三話開始可以進行，為了要進行病毒戰鬥必須要先向1-2的電腦的病毒博士購買用來儲存病毒資料的戰鬥員卡片，之後就可以依序到各地挑戰不同等級的病毒戰鬥。參加病毒戰鬥的病毒只會是各系統中最基本的種類而不會是強化版本。
在病毒戰鬥當中，玩家可以由自己的戰鬥員卡片中挑選兩隻總和容量不超過50MB的病毒，並將這兩隻病毒自由配置在戰鬥場地自己的陣地中，而敵方的病毒必定也是兩隻，但並不一定遵守容量規則。在進行病毒戰鬥時，敵我雙方的病毒都會依照它們平常的行動模式戰鬥，體力則會被加總起來，當加總的體力歸零時兩隻病毒就會一起被刪除。為了防止發生病毒無法互相造成足夠傷害的情形，如果在一個回合內沒有決定勝負則會視為挑戰者的玩家敗戰。
在遊戲中總共有五處病毒戰鬥，必須要先通過較低的等級才能繼續進行較高的等級。在通關之後負責病毒戰鬥的該名程式君會給出下一個等級所在地的提示（第一場的所在地則會由病毒博士提示）：
病毒戰鬥機器 版本1：位在機器狗的電腦，內容是以中央區域的病毒為主的三連戰，首次通過報酬是空氣輪1F。
病毒戰鬥機器 版本2：位在水販賣機的電腦，內容是以海邊區域的病毒為主的五連戰，首次通過報酬是替身R。
病毒戰鬥機器 版本3：位在懲罰椅的電腦，內容是以綠色區域的病毒為主的五連戰，首次通過報酬是死鬥L。
病毒戰鬥機器 版本4：位在鋼瓶的電腦，內容是以天空區域的病毒為主的十連戰，首次通過報酬是風神拍*。
病毒戰鬥機器 版本5：位在中央區域1，內容是以裡網路的病毒為主的十連戰，首次通過報酬是強克V3D。
玩家病毒一覽
在戰鬥員卡片當中一開始只會有病毒博士贈送的小矮兵和槍手兩種病毒，其餘的病毒則需要打倒對應的稀有病毒入手。
在遊戲中平常能夠戰鬥但無法參加病毒戰鬥（不存在稀有病毒）的病毒包含燒水罐和喇喇叭叭兩種。
| 病毒名稱 | 體力 | 攻擊力 | 容量 |
|---|---|---|---|
| 小矮兵 | 40 | 10 | 10 |
| 暴男孩 | 70 | 20 | 10 |
| 巨頭像A | 130 | 40 | 20 |
| 劍兵 | 90 | 30 | 20 |
| 殺手之眼 | 100 | 50 | 30 |
| 地震客 | 80 | 20 | 10 |
| 履帶攻擊 | 130 | 70 | 30 |
| 拳冠 | 60 | 20 | 30 |
| 風箱 | 130 | 0 | 30 |
| 樽爐火 | 80 | 20 | 20 |
| 燭淚滴 | 150 | 50 | 30 |
| 千本魨 | 80 | 10 | 20 |
| 海星星 | 60 | 20 | 20 |
| 壺龍 | 200 | 100 | 40 |
| 電草人 | 100 | 30 | 40 |
| 脈衝響 | 120 | 40 | 30 |
| 陽眼鏡 | 100 | 30 | 30 |
| 爆玉米 | 140 | 30 | 20 |
| 森林柱 | 100 | 20 | 10 |
| 蜂蜜窩 | 130 | 5 | 20 |
| 槍手 | 60 | 10 | 20 |
| 零式機 | 140 | 20 | 30 |
| 刺客機器 | 180 | 100 | 40 |
| 砂蟲 | 130 | 60 | 30 |
| 犰狳丸 | 100 | 20 | 20 |
| 人像石 | 120 | 50 | 40 |
| 夜魘 | 100 | 40 | 30 |