行動對戰（オペレーションバトル/Operation Battle）是在洛克人exe系列後期的特殊遊戲模式。在行動對戰當中，玩家並不會直接操作網路領航員，而是在給予網路領航員特定的指示之後讓網路領航員自行進行戰鬥並躲避敵人的攻擊。行動對戰的戰鬥晶片並非在改裝畫面當中裝備，而是可以在改裝計量表達到一定計量時自由使用（標準晶片需要1/3，MEGA級晶片需要2/3，GIGA級晶片需要整個計量表）。
在洛克人exe4、洛克人exe5當中，行動對戰需要使用相對應的週邊商品才會出現，而洛克人exe4.5則預設就是使用行動對戰來戰鬥。
洛克人exe4
洛克人exe4藍月版的行動對戰
在將戰鬥晶片閘門連接到遊戲主機上並開始遊戲時就會自動進入行動對戰模式。洛克人exe4的行動對戰模式可以使用真實晶片由洛克人.exe及共鳴網路領航員當中選擇要操作的角色，戰鬥指令包含「是否與對手保持在同一橫列」及「使用哪一種攻擊方式」，而與對手的距離則可以在戰鬥中按下←、→鍵來調整。在戰鬥中按下↑時可以重新選擇攻擊方式，而在戰鬥中按下↓時則可以重新選擇橫列位置。在洛克人exe4的行動對戰模式當中，可以使用在洛克人exe4.5才正式登場的真實晶片，但無法使用洛克人exe4.5專用的網路領航員。
可使用的網路領航員與性能如下（括弧內為攻擊力）：
| 網路領航員 | 體力 | 基本攻擊1 | 基本攻擊2 | 基本攻擊3 |
|---|---|---|---|---|
| 洛克人.exe | 800 | 普通子彈(1) | 盾 | ─ |
| 蘿露.exe | 700 | 普通子彈(1) | 蘿露弓箭(5) | ─ |
| 氣力人.exe | 1000 | 普通子彈(3) | 氣力鎚(30) （氣力地震） |
─ |
| 風人.exe | 800 | 普通子彈(2) | 突風 | 吸入 |
| 搜索人.exe | 800 | 普通子彈(1) | 照準槍(2) | ─ |
| 火焰人.exe | 900 | 普通子彈(2) | 火焰臂(10) | ─ |
| 閃電人.exe | 800 | 普通子彈(2) | 電氣光束(10) | ─ |
| 布魯斯.exe | 800 | 盾 | 長劍(10) | ─ |
| 數字人.exe | 700 | 普通子彈(1) | 盾 | ─ |
| 金屬人.exe | 1000 | 普通子彈(3) | 金屬板(10) | ─ |
| 廢鐵人.exe | 900 | 普通子彈(2) | 廢鐵壓縮(10) | ─ |
| 水人.exe | 700 | 普通子彈(1) | 水散彈(5) | ─ |
| 木頭人.exe | 1000 | 普通子彈(3) | 死亡叢林(10) | ─ |
在洛克人exe4的行動對戰當中可以選擇訓練模式和通信對戰模式。訓練模式是依照固定的順序與12名共鳴網路領航員戰鬥，如果能夠全部擊破的話會得到黃色的星之證明。通信對戰模式是與其他的玩家以行動對戰模式戰鬥。
訓練模式的戰鬥順序：
氣力人.exe→水人.exe→數字人.exe→火焰人.exe→蘿露.exe→金屬人.exe→木頭人.exe→風人.exe→廢鐵人.exe→閃電人.exe→搜索人.exe→布魯斯.exe
洛克人exe5
洛克人exe5卡尼爾小隊的行動對戰
在將進步晶片閘門連接到遊戲主機上並開始遊戲時就會在遊戲主選單中出現行動對戰模式。洛克人exe5的行動對戰模式可以使用真實晶片由洛克人.exe及同一版本的小隊成員當中選擇要操作的角色（另一個版本的小隊成員無法使用），而在兩個版本當中各會提供七種預組好的晶片資料夾（分別是以洛克人以及六名小隊成員作為主題）供玩家選用。
在洛克人exe5當中，戰鬥指令包含「要鎖定哪一個對手」以及「要與鎖定的對手保持多遠的距離」，在戰鬥中按下↑時可以重新選擇目標對手，而在戰鬥中按下↓時則可以重新選擇距離。
在戰鬥畫面當中會由玩家的晶片資料夾當中選出三張戰鬥晶片出現在畫面底端，可以用←、→鍵來選擇、用A鍵來使用選定的戰鬥晶片。畫面頂端會有一條改裝計量表，當改裝計量表達到1/3時能夠使用標準晶片或黑暗晶片，達到2/3時能夠使用MEGA級晶片，全滿時能夠使用GIGA級晶片，在按下B鍵時會消耗1/3的計量表重新選擇三張戰鬥晶片。在按下SELECT鍵時網路領航員會發出黃光並停止移動，這時依照正確的順序選用三張戰鬥晶片就能夠發動程式強化。L鍵與R鍵會分別對應到網路領航員的一樣固有性能，可以在網路領航員的裝備畫面中由三種不同的性能當中選擇。在網路領航員的固有性能當中，有一部份的攻擊會能夠在擊中敵人時增加改裝計量表的計量值，另外也有一部份在使用時反而會消耗計量值。
在洛克人exe5當中一樣也可以使用真實戰鬥晶片攻擊，除了跟一般的戰鬥晶片一樣需要改裝計量表達到定值以外，每一種真實戰鬥晶片都設定了使用回數的上限（大部份是3，較為強力的則為1），在每場戰鬥結束之後會自動回復。
可使用的網路領航員與性能如下（括弧內為攻擊力）：
| 網路領航員 | 版本 | 體力 | 基本攻擊1 | 基本攻擊2 | 基本攻擊3 |
|---|---|---|---|---|---|
| 洛克人.exe | 共通 | 1000 | 洛克飛彈(3) | 集氣射擊(40) | 盾 |
| 布魯斯.exe | 布魯斯版 | 1000 | 普通子彈(2) | 長劍(80) | 盾 |
| 磁鐵人.exe | 布魯斯版 | 1300 | 普通子彈(3) | 磁飛彈(40) | NS擒抱(100) |
| 旋翼人.exe | 布魯斯版 | 1100 | 普通子彈(2) | 龍捲風臂(20) | 旋翼空軍(50) |
| 膠化汽油人.exe | 布魯斯版 | 1200 | 普通子彈(4) | 火焰炸彈(50) | 膠化汽油炸彈(80) |
| 搜索人.exe | 布魯斯版 | 1100 | 普通子彈(3) | 照準槍(10) | 盾 |
| 梅蒂.exe | 布魯斯版 | 900 | 普通子彈(1) | 膠囊炸彈(50) | 盾 |
| 卡尼爾.exe | 卡尼爾版 | 1000 | 普通子彈(2) | 卡尼爾加農炮(60) | 屏障分割(50) |
| 騎士人.exe | 卡尼爾版 | 1300 | 普通子彈(5) | 皇家碎裂球(80) | 王國粉碎鎚(80) |
| 陰影人.exe | 卡尼爾版 | 1200 | 普通子彈(2) | 手裡劍(50) | 分身斬(60) |
| 鉞人.exe | 卡尼爾版 | 1100 | 普通子彈(4) | 鉞空襲(40) | 鉞斬(70) |
| 數字人.exe | 卡尼爾版 | 1000 | 普通子彈(1) | 骰子炸彈(20) | 盾 |
| 蟾蜍人.exe | 卡尼爾版 | 900 | 普通子彈(2) | 青蛙拳！(60) | 衝擊旋律(40) |
在洛克人exe5的行動對戰當中可以選擇戰鬥挑戰模式和通信對戰模式。戰鬥挑戰模式是依照固定的順序與12名網路領航員戰鬥，如果能夠全部擊破的話選用的該名角色會得到黃色的星之證明。通信對戰模式是與其他的玩家以行動對戰模式戰鬥。
戰鬥挑戰模式的戰鬥順序：
暴風雪人.exe→防禦成員→陰暗人.exe→偵察成員→雲人.exe→攻擊成員→飛燕人.exe→頭腦成員→足球人.exe→支援成員→宇宙人.exe→小隊隊長
洛克人exe6
洛克人exe6並沒有獨立的行動對戰模式，但在使用野獸連鎖閘門時可以於一般遊戲中使用真實戰鬥晶片攻擊。
除了跟一般的戰鬥晶片一樣需要改裝計量表達到定值以外，每一種真實戰鬥晶片都設定了使用回數的上限（大部份是3，較為強力的則為1），在每場戰鬥結束之後會自動回復。
洛克人exe4.5
洛克人exe4.5遊戲一開始就是預設為行動對戰模式，戰鬥指令包含「要鎖定哪一個對手」以及「要與鎖定的對手保持多遠的距離」，在戰鬥中按下↑時可以重新選擇目標對手，而在戰鬥中按下↓時則可以重新選擇距離。
在戰鬥畫面當中會由玩家的晶片資料夾當中選出三張戰鬥晶片出現在畫面底端，可以用←、→鍵來選擇、用A鍵來使用選定的戰鬥晶片。畫面頂端會有一條改裝計量表，當改裝計量表達到1/3時能夠使用標準晶片，達到2/3時能夠使用MEGA級晶片，全滿時能夠使用GIGA級晶片，在按下B鍵時會消耗1/3的計量表重新選擇三張戰鬥晶片。在按下SELECT鍵時網路領航員會發出黃光並停止移動，這時依照正確的順序選用三張戰鬥晶片就能夠發動程式強化。L鍵與R鍵會分別對應到網路領航員的一樣固有性能，可以在網路領航員的裝備畫面中由數種不同的性能當中選擇。在網路領航員的固有性能當中，有一部份的攻擊會能夠在擊中敵人時增加改裝計量表的計量值，另外也有一部份在使用時反而會消耗計量值。
洛克人exe4.5當中一樣也可以使用真實戰鬥晶片攻擊，除了跟一般的戰鬥晶片一樣需要改裝計量表達到定值以外，每一種真實戰鬥晶片都設定了使用回數的上限（大部份是3，較為強力的則為1），在戰鬥結束之後並不會自動回復，而需要連出或在網際網路當中找到特定的黃金程式君才能回復。