クロスオーバーバトル

跨界對戰（クロスオーバーバトル/Crossover Battle）是在洛克人exe系列後期的作品中登場的隱藏要素。在跨界對戰當中，洛克人exe系列的玩家能夠與《我們的太陽》系列的玩家進行通信對戰。雖然說是通信對戰，但由於兩個遊戲系列的性質相差太大，因此並不是直接進行對決，而是以各自的遊戲模式對抗在兩作品中共通登場的頭目角色，由較快打倒頭目的一方獲勝。

在跨界對戰當中，玩家使用的洛克人.exe以及強克擁有固定的強度，並不受到遊戲進度中的任何強化因素干擾，而能夠選擇的武器也都是各自固定而無法調整。跨界對戰的戰鬥並不是單純與頭目戰鬥，在戰鬥中若達成特定條件時能夠產生干擾蝙蝠而影響對手，在每一場戰鬥當中雙方各能夠發動一次阻擋，在發動阻擋時能夠將干擾蝙蝠送回對手的場地上。

洛克人exe5

洛克人exe5的跨界對戰是與《續・我們的太陽》進行，對戰的對手是陰暗人.exe。

遊戲方法

在洛克人exe5一側只要連接無線對戰器就會在標題畫面出現此選項，而在續・我們的太陽一次則要在通信選單當中輸入L、R、L、R、L、L、R、R、R、R、L、L、SELECT、START、SELECT、START才會出現選項。跨界對戰每個回合的時間固定為12秒（但在洛克人exe5一側可能會因為戰鬥晶片的時間暫停而略為延長），在12秒結束後會強制進入各自的裝備畫面。

在跨界對戰中產生的干擾蝙蝠會在下一個回合移動到對手的場地而產生各種不同的牽制效果，在每一場戰鬥當中雙方各能夠發動一次阻擋，在發動阻擋時能夠將對手上回合產生的干擾蝙蝠在下個回合送回對手的場地上。

洛克人exe5側基本狀態

在洛克人exe5當中，洛克人.exe的預設體力值是1000，洛克飛彈的攻擊、連射、集氣值都是3，沒有其他的強化性能也無法使用靈魂共鳴。戰鬥資料夾內容是：

資料夾內容
加農炮A × 1 加農炮B × 1 加農炮C × 1 火神槍2A × 2 閃電球* × 2 龍捲風R × 1 劍S × 1 寬劍S × 1 長劍S × 1 居合架式B × 1 回力鏢A × 1 鋼盔防禦1* × 1 地面復原* × 1 隱身* × 1 攻擊+10* × 1 蘿露R × 1 布魯斯B × 1 數字人N × 1 蝙蝠加農炮1* × 3 蝙蝠加農炮2S × 3 蝙蝠加農炮3R × 3 蝙蝠加農炮4Z × 1

續・我們的太陽側基本狀態

在續・我們的太陽當中，每個回合會自八種魔法與十三種武器當中隨機各抽選四種，玩家可以選擇一種魔法與一種武器進入戰鬥。除了徒手以外所有的魔法與武器一旦選用了就不會再次出現。

魔法	效果
太陽附加	武器的威力大幅上升
火焰附加	武器的威力小幅上升
冰凍附加	武器的威力小幅上升
雲彩附加	武器的威力小幅上升
大地附加	武器的威力小幅上升
衝刺	使用時移動加速、受傷兩倍
治癒	使用時回復40點體力
炸藥	設置不分敵我的炸彈

武器	分類
羅馬短劍	劍
鈍刀	劍
武士道刃	劍
闊刃劍	劍
短槍	槍
六尺棒	槍
闊頭槍	槍
科西嘉月牙槍	槍
棍棒	鎚
鐵槌	鎚
血腥重錘	鎚
震地錘	鎚
徒手	徒手