クロスオーバーバトル2

跨界對戰2（クロスオーバーバトル2/Crossover Battle 2）是在洛克人exe6當中登場的跨界對戰模式，能夠與《新・我們的太陽》進行通信對戰，以各自的遊戲模式對抗在兩作品中共通登場的伯爵頭目，由較快打倒伯爵的一方獲勝。

在跨界對戰當中，玩家使用的洛克人.exe以及強克擁有固定的強度，並不受到遊戲進度中的任何強化因素干擾，而能夠選擇的武器也都是各自固定而無法調整。在跨界對戰2的戰鬥中若達成特定條件時能夠產生干擾蝙蝠，這些干擾蝙蝠會立即移動到對手的場地而產生各種不同的牽制效果，在每一場戰鬥當中雙方各能夠發動一次阻擋，在發動阻擋時能夠將對手該回合產生的干擾蝙蝠擋下並在下個回合一次送回對手的場地上。

洛克人exe6

遊戲方法

在洛克人exe6一側只要連接無線對戰器就會在標題畫面出現此選項，而在新・我們的太陽一次則要在通信選單當中輸入L、L、L、L、L、R、R、R、R、R、L、R、L、R、SELECT、START才會出現選項。跨界對戰每個回合的時間固定為12秒（但在洛克人exe5一側可能會因為戰鬥晶片的時間暫停而略為延長），在12秒結束後會強制進入各自的裝備畫面。

洛克人exe6側基本狀態

在洛克人exe6當中，洛克人.exe的預設體力值是500，洛克飛彈的攻擊、連射、集氣值都是3，沒有其他的強化性能也無法使用融合系統或融合獸化，獸化則會變成使用僅有一張、沒有晶片編碼的戰鬥晶片發動，並且只能持續一個回合。戰鬥資料夾內容是：

資料夾內容
加農炮A × 2 加農炮B × 1 加農炮C × 1 火神槍1* × 3 閃電球* × 3 溜溜球L × 2 劍S × 1 寬劍S × 1 長劍S × 1 隱身* × 2 蝙蝠加農炮1* × 3 蝙蝠加農炮2S × 2 蝙蝠加農炮3R × 2 蝙蝠加農炮4Z × 2 蘿露R × 1 布魯斯B × 1 卡尼爾C × 1 獸化

新・我們的太陽側基本狀態

在新・我們的太陽當中，每個回合會自九種魔法中抽選四種、六種劍和六種槍身當中隨機各抽選兩種，玩家可以選擇一種魔法與一種武器進入戰鬥。除了衝刺、羅馬短劍、戰士以外所有的魔法與武器一旦選用了就不會再次出現；而太陽變身和黑暗變身兩種魔法只能夠擇一使用。

魔法	效果
干擾（共六種）	擊中伯爵時依顏色送出不同的干擾蝙蝠
衝刺	使用時移動加速、受傷兩倍
黑暗變身	變身為黑暗強克
太陽變身	變身為太陽強克

武器	分類
羅馬短劍	劍
西洋刺劍	劍
隼形彎刀	劍
斯拉夫籠手劍	劍
秋水	劍
巨劍	劍
戰士	槍身
巫師	槍身
套環	槍身
炸彈客	槍身
日本武士	槍身
跟蹤者	槍身