頭目SP模式（ボスSPモード/Boss Ω Mode）是在洛克人exe3當中登場的隱藏模式。
在收集到
黃、
靛、
綠、
藍、
紫五個星之證明的情況下，在標題畫面對準「繼續遊戲」選項，按住←同時輸入RRLRLRLL，會讓五個星之證明靠攏在一起，此時再進入遊戲就會進入頭目SP模式。由於紫色的星之證明需要同時收集到通常版與黑版特有的MEGA級晶片，因此需要擁有兩種版本的遊戲才能夠進入頭目SP模式。
在頭目SP模式當中，會有總共17名SP級的頭目網路領航員出現在電腦世界各地的定點當中，而在對決每一個SP級網路領航員之前都會需要先與SP級的病毒進行三連戰。除了賽雷納德.exe及佛魯迪.exe之外，其餘15名網路領航員SP在打倒之後都會掉落相對應的V5級領航員晶片。
在進入頭目SP模式之後，還能夠再收集到
紅色及
橙色的星之證明。在擁有全部的七個星之證明的情況下，最終頭目的原型也會變成原型SP，在打倒原型SP之後會出現超級遊玩的獎勵圖片，同時在進度記錄中會追加一張原型的戰鬥晶片（通常版是原型之臂西格瑪；黑版是原型之臂奧米加）。
頭目SP出現地一覽
開啟頭目SP模式後的標題畫面