頭目SP模式(ボスSPモード/Boss Ω Mode)是在洛克人exe3當中登場的隱藏模式。
在收集到黃、靛、綠、藍、紫五個星之證明的情況下,在標題畫面對準「繼續遊戲」選項,按住←同時輸入RRLRLRLL,會讓五個星之證明靠攏在一起,此時再進入遊戲就會進入頭目SP模式。由於紫色的星之證明需要同時收集到通常版與黑版特有的MEGA級晶片,因此需要擁有兩種版本的遊戲才能夠進入頭目SP模式。
在頭目SP模式當中,會有總共17名SP級的頭目網路領航員出現在電腦世界各地的定點當中,而在對決每一個SP級網路領航員之前都會需要先與SP級的病毒進行三連戰。除了賽雷納德.exe及佛魯迪.exe之外,其餘15名網路領航員SP在打倒之後都會掉落相對應的V5級領航員晶片。
在進入頭目SP模式之後,還能夠再收集到紅色及橙色的星之證明。在擁有全部的七個星之證明的情況下,最終頭目的原型也會變成原型SP,在打倒原型SP之後會出現超級遊玩的獎勵圖片,同時在進度記錄中會追加一張原型的戰鬥晶片(通常版是原型之臂西格瑪;黑版是原型之臂奧米加)。