仲裁部隊大戰（レプリフォース大戦/Great Repliforce War）是非正規品戰爭當中的一場大規模戰事，在遊戲時間軸中是相當於洛克人X4的內容。這場大戰由非正規品獵人與仲裁部隊之間的衝突展開，最後由非正規品獵人取得勝利。
前因：仲裁部隊的成立
在多普拉博士叛亂事件後，為了應變大規模非正規品事件而成立的仲裁部隊，在其成立之後很快就被發現因為過於龐大而缺乏效率的問題。由於沒有辦法像當初成立時所想定的那樣迅速應變各種情況，仲裁部隊本身存在的必要性開始被質疑，而非正規品獵人與仲裁部隊在行動中產生的摩擦更讓兩個組織間一直都存在有猜忌。由於仲裁部隊總司令傑乃拉爾採取妥協的低姿態，這些衝突始終都只存在於檯面下而並未全面爆發。
導火線：天空礁湖墜落事件
為了要引起非正規品獵人和仲裁部隊之間的衝突，西格瑪接觸了非正規品獵人第14特殊部隊隊長的熔岩火龍。長久以來希望能夠與洛克人X或傑洛交手的熔岩火龍理解到：讓非正規品獵人和仲裁部隊全面衝突，並投靠仲裁部隊，是最有可能與兩人交手的手段，因此決定加入西格瑪的行動。
熔岩火龍率領了一批由西格瑪準備的非正規品軍隊，先襲擊了仲裁部隊的本部並抓走愛莉絲，引起了仲裁部隊的注意，接著再襲擊了空中殖民地都市天空礁湖，使它墜落在地面上而造成了慘重的傷亡。由於襲擊天空礁湖的大型非正規品「非正規獸王」使用了疑似仲裁部隊特有的技術，非正規品獵人的上層在一開始就懷疑是仲裁部隊涉及這起襲擊事件。由卡尼爾率領，尾隨非正規品軍隊來解救愛莉絲的仲裁部隊正好趕到了墜落現場，更讓非正規品獵人懷疑仲裁部隊直接涉案，要求卡尼爾及部下放下武器配合調查，遭到卡尼爾以軍人的榮譽拒絕。
政變：仲裁部隊的獨立宣言
非正規品獵人強行片面要求仲裁部隊放下武器配合調查天空礁湖墜落事件一事碰觸到了傑乃拉爾的底線，使得傑乃拉爾決定要發動政變。傑乃拉爾在紀念館發表了仲裁部隊的獨立宣言，希望要建造一個完全不受人類干涉的思考型機器人國度。傑乃拉爾在發表獨立宣言之後將大本營移到了仲裁宇宙軍的終極武器，而非正規品獵人則宣告仲裁部隊全面非正規化。
仲裁部隊的敗戰
仲裁部隊由於在各個戰線都遭逢不利，最後決定要全軍撤退到終極武器當中。洛克人X與傑洛在宇宙港口打倒了斷後的卡尼爾，並且繼續追擊到終極武器當中打敗了傑乃拉爾。此時，隱藏在終極武器當中的西格瑪發動了最後的作戰，試圖啟動終極武器向地球發射。在洛克人X與傑洛打敗了西格瑪之後，傑乃拉爾決定以自爆的方式摧毀終極武器，結束了這場戰爭。
後續影響
在仲裁部隊大戰之後，仲裁部隊整體受到了壞滅性的打擊，只剩下少數的部隊（特別是仲裁空軍）勉強得以維持功能，而這些少數的部隊當中，在之後的殖民地墜落事件又損傷了大半，導致仲裁部隊不再具有任何的影響力。
非正規品獵人的總監為了誤判仲裁部隊非正規化一事而請辭，由席格納斯接任為新任的總監。非正規品獵人本身在仲裁部隊大戰當中雖然同樣受創嚴重但依然能夠維持機能，再次變回戰前唯一對抗非正規品的官方組織。