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The day of Σ是在非正規品獵人X當中全破遊戲一次後可以選擇的隱藏模式，是全長約25分鐘的動畫，描述西格瑪反叛人類前的故事，總共分為四個篇章。
劇情大綱
第一章：機械式機器人暴走（メカニロイド暴走/Gone Berserk）
在一棟拆除中的大樓當中發生了大型機械式機器人非正規品化的事件。西格瑪原本計劃讓洛克人X搭乘蜂型運輸機由空中狙擊，讓機械式機器人暫時無力化，再由冰凍企鵝的部隊將機械式機器人拘束、由傑洛的部隊破壞機械式機器人的動力核心。然而，機械式機器人的力量超出了預期，因此冰凍企鵝的部隊無法有效停止它的行動。
雖然傑洛成功地破壞了機械式機器人的一條腿而讓它無法繼續移動，但機械式機器人抓住了一名非正規品獵人擋在自己的動力核心面前，讓趕到現場支援的洛克人X無法進行射擊，最後是靠著西格瑪將獵人的手臂與機械式機器人的動力核心一同破壞才解除了危機。儘管受傷的獵人試圖將責任都攬到自己身上，但西格瑪依然指出洛克人X不應該為了同伴而放棄保護更重要的對象。
第二章：獵人基地（ハンターベース/Hunter Base）
洛克人X與傑洛回到了獵人基地，對於日漸增加的非正規品事件，洛克人X開始煩惱非正規品發生的理由，而傑洛則指出即使是在非正規品獵人當中也有像霸法一樣時常無視規矩行動的人。另一方面，向凱因博士進行近況報告的西格瑪討論到了洛克人X會因為煩惱而猶豫的現象。
在獵人基地當中，傑洛試著以訓練程式再現先前洛克人X面臨的狀況，發現自己射擊時同樣會誤傷獵人同伴而無法順利破壞機械式機器人。在旁邊觀看的暴風鐵鷹認為儘管如此傑洛也已經獲得了95分的高分。原本應該進行飛彈基地巡邏任務的暴風鐵鷹最近因為自動警報系統的完成而回到了獵人基地，他前來尋找傑洛則是因為對於先前事件的調查已經有了進展。
在操作員小隊的分析之下，發現暴走的機械式機器人實際上是受到了他人的遙控操縱。雖然並不清楚犯人是如何突破機械式機器人的安全裝置，但操作員小隊成功定位出了遙控訊號的來源是近在咫尺的亞伯市東16號地區。
第三章：偵察總部（アジト偵察/Investigation）
洛克人X與傑洛被指派前往東16號地區潛入調查，卻發現已經有人先一步侵入了敵人的總部，不只所有的嫌疑犯都已經被殺害，電腦系統當中相關的資料也一點都沒有留下。
翌日，在亞伯市的各地接連發生了大型機械式機器人非正規品化的事件，而讓非正規品獵人們疲於奔命。被關押起來的霸法也在其中一樁非正規品化事件當中成功逃獄。在西格瑪的指示之下，洛克人X與傑洛被調派前往處理霸法的逃獄事件，但導航員卻突然失去了與西格瑪的聯繫。抵達逃獄現場的傑洛判斷一連串的非正規品事件目的就是要釋放霸法，但犯人則勢必要有比霸法更強的戰鬥力以及作戰計劃能力。
第四章：飛彈基地（ミサイル基地/Missile Base）
導航員發現這次操作大型機械式機器人的訊號來源是最近才導入自動警報系統的飛彈基地，前往調查的洛克人X和傑洛受到了西格瑪的襲擊。試圖要激發出洛克人X潛力的西格瑪先是以傑洛擋在自己面前作為人質，在發現洛克人X無法對傑洛下手之後，西格瑪砍傷了傑洛，又威脅洛克人X要以飛彈炸毀城市。然而，洛克人X依然無法對西格瑪進行反擊，於是西格瑪發射了飛彈炸毀了亞伯市並以光劍刺穿了洛克人X的身體。
洛克人X以最後的力量對西格瑪反擊並在西格瑪臉上留下了傷疤，但隨即因為重傷而停止運轉。在西格瑪離開之後，重傷的傑洛也帶著洛克人X離開了飛彈基地……